Александр Витко вступил в должность командующего Черноморским флотом 17 мая 2013 года - после передачи дел от бывшего командующего ЧФ вице-адмирала Александра Федотенкова, назначенного заместителем Главкома ВМФ РФ. Александр Викторович Витко стал первым военачальником, которому был вручен штандарт командующего ЧФ. Церемония прошла 13 мая 2013 года в Севастополе — в День Черноморского флота, отпраздновавшего тогда 230 лет со дня основания.

Кроме того, Владимир Путин повысил в звании до вице-адмиралов начальника штаба ЧФ - 1-го заместителя командующего флотом контр-адмирала Александра Носатова и заместителя командующего ЧФ контр-адмирала Валерия Куликова.